尽管我们不能把家族企业当成“落后生产力”与“落后生产关系”的代名词，但是，中国家族企业确实存在很多弊端。
排外心理。排外心理主要是对能力强的新进员工，企业内部的家族成员可能打心底就不服气这些“外人”的存在，于是处处找理由制造障碍，让新员工难以得到能力信任甚至最基本的尊重，最后不得不选择离开。吸引不到新的人员加入，企业便得不到新鲜血液补充，得不到应有地发展而错失良机。
任人唯亲。家族式企业在人员提拔和重用上侧重任人唯亲，难以做到“能者上、平者让、庸者下”。用人机制混乱而无章程从而导致想做事者没有机会，家族内部人比外部员工有明确的优越感，从而导致企业的内部协调不畅，员工归属感下降。在企业规模较小的时候这种弊病还不是显现的十分明显，随着规模的逐渐扩大，员工归属感的问题会得到无限放大。
人情管理。家族式企业常见弊病是重人情而轻制度，这种制度下的结果会使企业的家族内部员工关系十分融洽，为企业带来和谐的利益。但是负面作用显现的是工作无追踪、难落实、有奖励、无惩罚。制度是每个企业员工应该遵守的准则。如果只是外部员工遵守而不是所有员工共同遵守，则会导致利益群体的出现。
滥用权利。尽管家族成员在企业中获得一定权利，但这些权利是用在治理公司业务中的，并不是用在整治个人身上，管理企业要对事不对人，不能把敢于直言疏漏的人“一棒子打死”。如果企业留下的都是一些唯唯诺诺的马屁精，企业又会有怎样的发展？
不当激励。企业要想获得持续的发展，关键是必须吸引并留住更多企业需要的人才，人力资本最根本的特性是有效的激励。但在家族企业里，普遍存在的问题是大多数家族企业过于依赖组织中的欠缺公平性和合理性的管理制度来约束员工的工作，甚至存在盲目激励现象。
缺乏企业文化。家族企业的家文化体现了中国传统文化的突出特征，是中国家族企业的核心，同时也对家族企业文化的形成造成了重大影响。企业文化是一个组织由其价值观、信念、仪式、符号、处事方式等组成的其特有的文化形象。其主要内容是企业制度、企业精神和企业经营理念，家文化在企业制度建设和企业精神建设方面很难跟得上现代企业的发展，企业文化的滞后会严重削弱企业的核心竞争力。
